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管路及閥門本身的*滅菌是確保生物工程生產高效率的重要一環。生物工程工廠所選擇的閥門均應利于清洗、維護和滅菌。由于隔膜閥具有嚴密的可靠、閥桿不與物料接觸的優點，工廠多用隔膜閥。隔膜閥的特點有：1，僅有閥體和隔膜與物料接觸，其他部分全部隔離，可用蒸汽對閥門進行*滅菌；2，具有自身排凈能力；3，可在線維修；4，管徑范圍大，基本滿足生物工程領域的需要。但隔膜間仍有縫隙是其缺點。

對隔膜閥進行加熱蒸汽滅菌有以下三種形式；第二種是利用隔膜閥上面附加取樣用的或排污用的小閥，通過此小閥通入蒸汽或放出蒸汽冷凝水，也可使隔膜兩邊均充分滅菌；第三種是確保閥門接管的盲端管徑之比不大于6倍，且需保證管內不積存冷凝水。后一種方法容易發生滅菌不*，故生產中很少采用。隔膜閥需定期檢查和更換。

為保證設備與管路的*滅菌，管路系統在設計安裝時，應具有一定的斜度，通常取1：100或更大。其主要目的是確保蒸汽冷凝水排凈或不積聚；對于水平安裝的管道，一般在低點安裝排污閥，同時，為了避免管路較長時中間下垂而形成凹陷點，管路必須設有足夠的支撐點。

對于輸送較長的管路，為方便清洗和加熱殺菌，應盡量減少管路并使之簡化，有些盡可能合并后與罐相連，彎頭、閥門等管件盡可能減少，同時盡可能減少高點和低點，且應在每個低點設排閥；在高點設在加熱蒸汽進氣管，這樣才能保證蒸汽殺菌的*性。

當有多個罐時（如種子罐和發酵罐上連接的管路有接種管、空氣管、流加管、進出料管和取樣管等），在使用前必須分段進行滅菌（共同閥控制），保證蒸汽能夠達到所有需要滅菌的地方。于是，在管路系統的設計中就應該考慮如何滿足滅菌要求和盡量減少死角，并確保在滅菌之后保持無菌狀態。當培養基貯罐的已滅菌并冷卻至所需溫度的培養基藥送往滅菌后的空發酵罐中，先須對管路進行滅菌（閥均關閉）。先依次打開各個閥門，然后開啟蒸汽閥，通入蒸汽進行滅菌先關閉閥。殺菌結束。